本专项执行期从2016年至2020年，2016年第一批启动11个项目，重点部署了克拉通破坏、大陆碰撞和陆内变形等三个成矿动力学系统、深部资源评价理论、地球化学勘查技术、深部资源开采理论和深层油气成因等基础性研究与技术研发工作。2017年（第二批）拟支持20个项目，国拨经费概算约8.25亿元，重点针对增生造山成矿动力学系统、深部资源评价技术与建模、深部探测关键技术与装备、紧缺矿产、战略性资源的评价勘查示范、深部矿产资源开采理论与技术与深层油气成藏评价等技术性与勘查示范为主的研究与研制工作进行部署；原则上覆盖专项实施方案任务的1/3。
本专项以项目为单元组织申报，项目执行期3-4年。对于企业牵头的应用示范类项目，其他经费（包括地方财政经费、单位出资及社会渠道资金等）与中央财政经费比例不低于1:1。如指南未明确支持项目数，对于同一指南方向下采取不同技术路线的项目，可以择优同时支持1-2项。鼓励产学研用联合申报，项目承担单位有义务推动研究成果的转化应用。除有特殊要求外，所有项目均应整体申报，须覆盖全部考核指标。每个项目下设任务（课题）数不超过6个，项目参加单位总数不超过10个。